之前蹲在操作台耗了一下午,最后提出来的东西电泳条带糊成一团,才沉下心去捋dna提取过程中应注意哪些操作,很多点不是书本上写的条条框框,是手上反复试出来的细碎感受。

拿样本的时候动作慢一点,别来回反复吹打。当时贪图混匀速度,移液枪吸了又打、打了又吸,管子里的液体起了细密的泡沫,后续测浓度看着数值还行,跑胶之后就乱掉。后来才反应过来,剪切力会把长链的核酸扯碎,不是看不见就等于没破坏,泡沫本身就是一个信号,只要液面开始发泡,大概率已经伤到模板了。

离心这一步,转速和时间不要凭着感觉微调。同一批样本,两管放在离心机里位置不对称,不平衡带来的震动会让管壁上的沉淀松动,上清里面混进去杂质。配平这件事看着简单,很多时候随手拿一管清水凑重量,差个几十毫克觉得无所谓,最后杂质多到洗不干净。离心结束开盖也不能急,不要猛地掀开盖子,气流扫过管底的沉淀,很容易把沉淀吹起来。

用到的枪头、离心管,尽量选无酶的。不是说普通耗材一定做不出来,只是环境里到处都有降解酶,稍微沾到一点,放一会核酸就慢慢分解。操作台面上经常会飘别人溅出来的裂解液,擦台面的时候,别直接对着样本管喷消毒液,水雾飘进去,整套样本就废掉。手套也要勤换,摸过手机、记录本之后,指尖带的东西很容易带进体系里。

温度控制是很容易被忽略的一块。裂解孵育的时候,水浴锅温度飘高一点,蛋白消化倒是快了,可核酸稳定性跟着往下掉;温度太低,裂解不充分,最后得率很低。有一回水浴的盖子没盖严,温度掉了两三度,同样的配方、同样的时间,那一整批样本都没拿到合格产物。

洗沉淀的时候,加洗涤液下去,不要用力震荡。

轻轻颠倒几次管子就够,靠液体浸润沉淀,而不是使劲晃。晾干的分寸更难拿捏,晾太久,沉淀干得发硬,后续很难溶开,溶解之后浓度上不去;晾的时间不够,残留的乙醇会抑制后续的反应,就算提出来,拿去扩增也很难出结果。我一般就放在通风的地方,盯着沉淀从白色变成半透明,差不多就加洗脱液,这个节奏没有固定数值,看多了才有一点感觉。这只是我的个人感受,不是标准答案。

洗脱用的缓冲液提前回温会好一点,常温的液体溶解沉淀比冰的快很多。加完之后不要立刻离心,静置几分钟,让核酸充分泡开,再上机收集上清。也不要反复冻融提好的dna,分装成小份存放,一次拿一管,反复冻个两三回,条带就会慢慢弥散。

做实验的时候,顺序也有讲究,先处理容易降解的样本,不要全部样本都裂解完堆在一边等着。样本放久了,内源的酶持续起作用,再好的操作也救不回来。有人习惯全部配好试剂再统一开工,我试过一次,后排的样本耽搁太久,最后出来的质量参差不齐,之后就改成处理一管接着下一管,尽量压缩样本暴露的时间。

那天收拾台面的时候,看着好几管失败的样本,没有特别懊恼,就是觉得很多操作的分寸没法用文字卡死,很多边界只能自己一点点摸。